2-Abz - 2-Aminobenzoyl، عام طور پر 2,4-dinitrophenyl (Dnp) یا 3-nitro-tyrosine (NitroTyr) کے ساتھ مل کر فلوروفور/کوینچر جوڑے بناتے ہیں۔ 320 nm پر اتیجیت، 420 nm پر اخراج۔
3-Abz (m-aminobenzoic acid) کو -amino acid کے طور پر دیکھا جا سکتا ہے۔ جب m-aminobenzoic ایسڈ کو پیپٹائڈ چینز میں شامل کیا جاتا ہے، تو اس کے نتیجے میں ایک سخت موڑ پیدا ہوتا ہے۔
4-Abz (p-Aminobenzoic acid, PABA)، ایک قدرتی طور پر پائے جانے والے بینزوک ایسڈ سے ماخوذ ہونے کے ناطے، ایک سخت لکیری اسپیسر کے طور پر بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔
ابو، L- -Aminobutyryl ((S)-2-Amino-butanoyl)، -aminobutyric ایسڈ، ایک امینو ایسڈ مشتق ہے۔ قدرتی امینو ایسڈ سے ساختی مماثلت کی وجہ سے، یہ اکثر پیپٹائڈس اور پیپٹائڈ مائیمیٹکس کے ڈیزائن اور ترکیب میں استعمال ہوتا ہے۔
AC ایسیٹیل کی نمائندگی کرتا ہے۔ N-terminal acetylation فطرت میں پیپٹائڈس کے لیے ایک عام مستحکم تبدیلی ہے۔
Acm، Acetamidomethyl، Hg(II) یا Ag(I) کا استعمال کرتے ہوئے ہٹایا جا سکتا ہے۔ یہ ایک سے زیادہ ڈسلفائیڈ بانڈز کے ساتھ پیپٹائڈس کی ترکیب کرتے وقت سسٹین کے لیے عام طور پر استعمال ہونے والے تھیول پروٹیکشن گروپس میں سے ایک ہے۔
ACTH (adrenocorticotropic hormone) ایک ہارمون ہے جو anterior pituitary کے ذریعے چھپایا جاتا ہے جو ایڈرینل کورٹیکس کو کورٹیکوسٹیرائڈز بنانے کے لیے تحریک دیتا ہے۔
Aad (L- -aminoadipic acid) ایک غیر پروٹینجینک امینو ایسڈ ہے۔ اس کا ڈھانچہ گلوٹامک ایسڈ (Glu) سے ملتا جلتا ہے، اس کی سائیڈ چین میں ایک اضافی میتھیلین گروپ ہے۔
(2-Aminoethoxy)ایسٹک ایسڈ، جسے گلائسین ایتھائل ایسٹر یا گلائسین ایتھیلامائڈ کے نام سے بھی جانا جاتا ہے، پیپٹائڈ ترمیم کی ترکیب میں اسپیسر یا لنکر کے طور پر استعمال کیا جا سکتا ہے۔
1-(1'-adamantyl)-1-methyl-ethoxycarbonyl، پیپٹائڈ کی ترکیب میں ایک انتہائی تیزابی لیبل امینو پروٹیکشن گروپ، کو 3% TFA/CH2Cl2 کے ذریعے غیر محفوظ کیا جا سکتا ہے۔
AFC (7-Amino-4-trifluoromethylcoumarin) ایک فلوروسینٹ مرکب ہے جو 395-400 nm، اخراج 495-505 nm پر جاری ہونے والے کومارین کے جوش کے ساتھ ہے۔
چھوٹی پرجاتیوں کے غیر ہم آہنگی کے چپکنے کی وجہ سے اعلی مالیکیولر وزن کی پرجاتیوں کی تشکیل ہوتی ہے۔ خاص طور پر پروٹین میں، اکٹھا ہونا ڈینیچریشن کی ایک شکل ہے جو ثانوی ڈھانچے کے ساتھ غیر قطبی سطحوں پر واقع ہو سکتی ہے، جیسے کہ وہ جو عام طور پر انٹرا مالیکیولر تعاملات بناتے ہیں اور پروٹین کے -ہیلائسز اور شیٹس میں دفن ہوتے ہیں۔ مالیکیول ایک دوسرے کے ساتھ تعامل کرتے ہیں، بعض اوقات ناقابل حل پولی مالیکیولر شکلیں بناتے ہیں۔ ایگریگیشن اولیگومرائزیشن سے متصادم ہے، اعلیٰ ترتیب والے پولیمر بنانے کے لیے صحیح طریقے سے فولڈ دیسی پروٹینوں کا عام تعامل۔
AHX، Aminohexanoyl،6-امائنو ہیکسانوک ایسڈ، مختصرا Aca یا LC بھی ہے، جسے عام طور پر بائیوٹن، فلوروفورس اور پیپٹائڈ کی ترتیب کے درمیان ایک مختصر غیر قطبی اسپیسر کے طور پر متعارف کرایا جاتا ہے۔
2-Aminoisobutyric ایسڈ ایک نایاب نان پروٹین امینو ایسڈ ہے جو pyrimidine میٹابولزم کی آخری پیداوار ہے اور پیشاب میں خارج ہوتا ہے اور فنگل کی اصل کی کچھ اینٹی بایوٹک میں موجود ہوتا ہے۔ پیپٹائڈ کی ترکیب کے لیے قدرتی امینو ایسڈ کو تبدیل کرنے کے لیے بھی استعمال کیا جاتا ہے۔
الکحل وہ نامیاتی مرکبات ہیں جو ایک، دو یا دو سے زیادہ ہائیڈروکسیل گروپس (−OH) کی موجودگی سے خصوصیت رکھتے ہیں جو الکائل گروپ یا ہائیڈرو کاربن چین میں کاربن ایٹم سے منسلک ہوتے ہیں۔ پیپٹائڈ الکوحل طبی لحاظ سے اہم مرکبات ہیں جن کی منشیات کی دریافت کے لیے ڈھانچے اور سرگرمی کے تعلق (SAR) کے مطالعے میں ناکافی طور پر تحقیق کی جاتی ہے۔ مثال کے طور پر، DAMGO Tyr-{d-Ala}-Gly-{Me-Phe}-Gly-ol کی ترتیب کے ساتھ، C-ٹرمینل پر الکحل کے ذریعے ترمیم شدہ اوپیئڈ ریسیپٹر ایگونسٹ ہے۔ اس میں μ-opioid ریسیپٹر کے لیے اعلیٰ انتخاب اور وابستگی ہے۔
ایک الڈیہائڈ ایک نامیاتی مرکب ہے جس میں کاربونیل گروپ کاربن چین کے آخر میں کاربن ایٹم سے منسلک ہوتا ہے۔ پیپٹائڈ الڈیہائڈز بائیو کیمسٹری اور کیمیائی حیاتیات میں پروٹیز کی روک تھام اور کیمیائی غیر فعال کرنے کے لیے اہم اوزار ہیں۔
Aloc - Allyloxycarbonyl، امینو حفاظتی گروپ (مختصرا Alloc)۔ تحفظ Pd(PPh3)4 کے ساتھ ہٹایا جا سکتا ہے۔
الزائمر کی بیماری، جس کا نشان -امائلائیڈ تختیوں اور تاؤ ٹینگلز سے ہوتا ہے، synaptic dysfunction اور کلیئرنس پاتھ وے کے مسائل کے نتیجے میں، علمی خرابی کا باعث بنتا ہے۔
7-Amino-4-methylcoumarin (AMC) پروٹیز اسٹڈیز میں پیپٹائڈ لیبلنگ کے لیے ایک عام فلوروسینٹ پروب ہے۔ پیپٹائڈ سے اس کا ملاپ فلوروسینٹ سگنل کو بجھا دیتا ہے، اور پروٹیز کلیویج پر جاری ہونے والا AMC 345/445 nm کے اتیجیت/اخراج میکسما کے ساتھ، انزائم کی سرگرمی کی مقدار درست کر سکتا ہے۔ مثال کے طور پر، پیوریفائیڈ پروٹیزوم کی ٹرپسن جیسی سرگرمی کا تعین کرنے کے لیے ترجیحی سبسٹریٹ فلوروسینٹ پیپٹائڈ، ترتیب کے ساتھ: Ac-Arg-Leu-Arg-AMC۔
ایٹریل نیٹریوریٹک پیپٹائڈ (ANP)، ایک ہارمون جو دل کے ایٹریا سے خون کے حجم اور دباؤ میں اضافے کے جواب میں تیار اور جاری ہوتا ہے۔ یہ vasodilation کو فروغ دینے، پیشاب کی پیداوار (diuresis) کو بڑھا کر، اور گردوں میں سوڈیم کے دوبارہ جذب کو کم کرکے سیال توازن اور بلڈ پریشر کو منظم کرنے کا کام کرتا ہے۔ یہ اعمال جسم میں ہائی بلڈ پریشر اور سیال اوورلوڈ کے اثرات کو روکنے میں مدد کرتے ہیں۔
اینٹی جینک پیپٹائڈس پروٹین یا دیگر بائیو مالیکیولز سے اخذ کردہ مختصر امینو ایسڈ کی ترتیب ہیں جو کسی جاندار کے مدافعتی ردعمل کو متحرک کرتے ہیں۔ یہ پیپٹائڈس مدافعتی نظام کے ذریعہ جسم کے لئے غیر ملکی یا غیر ملکی کے طور پر پہچانے جاتے ہیں، جس کے نتیجے میں مدافعتی خلیات جیسے ٹی خلیات اور بی خلیات فعال ہوتے ہیں. اینٹی جینک پیپٹائڈس مدافعتی ردعمل میں اہم کردار ادا کرتے ہیں، بشمول انکولی اینٹی باڈی کی پیداوار اور مدافعتی یادداشت کی نشوونما۔ امیونولوجی اور ویکسین کی نشوونما میں ان کا وسیع پیمانے پر مطالعہ کیا جاتا ہے کیونکہ ان کی صلاحیت پیتھوجینز یا غیر معمولی خلیوں کے خلاف مخصوص مدافعتی ردعمل کو متحرک کرتی ہے۔
غیر متناسب برانچڈ پیپٹائڈ
2، 4، اور 8 شاخوں کے ساتھ غیر متناسب پیپٹائڈس کی ترکیب کو حکمت عملی سے پیپٹائڈ کی ترتیب میں لائسین، ارجینائن، یا گلوٹامک ایسڈ ڈال کر حاصل کیا جا سکتا ہے۔
غیر متناسب dimethylarginine (ADMA)
غیر متناسب dimethylarginine (ADMA, Arg(Me)2) ایک قدرتی طور پر پائے جانے والا کیمیائی مرکب ہے اور نائٹرک آکسائیڈ سنتھیس (NOS) کا ایک اینڈوجینس روکنا ہے۔ Fmoc-Arg(Me)2-OH (غیر متناسب) کو براہ راست پیپٹائڈس کی ترکیب کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے جس میں غیر متناسب dimethylarginine ہوتا ہے۔
5-Aminovaleric ایسڈ، پیپٹائڈ ترمیم کی ترکیب میں اسپیسر یا لنکر کے طور پر استعمال کیا جا سکتا ہے۔
Benzyloxymethyl (Bom) ایک ایسڈ لیبل امیڈازول حفاظتی گروپ ہے جو Boc-SPPS کے عمل میں ہسٹائڈائن پر مشتمل پیپٹائڈس کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ Benzyloxymethyl تیزاب کے ساتھ علاج کے بعد انتہائی رد عمل والے formaldehyde پیدا کرتا ہے۔ لہٰذا، Bom Cys، methoxyamine یا دیگر مرکبات کی موجودگی میں سب سے بہتر ہے جو کہ aldehydes کے ساتھ رد عمل ظاہر کرتے ہیں۔
امینو ایسڈ کا امینو گروپ کاربن سے منسلک ہوتا ہے، جو کاربوکسائل گروپ سے دور دوسرا کاربن ایٹم ہے۔ امینو ایسڈ کے عمومی ساختی فارمولے کو اس طرح پیش کیا جا سکتا ہے: R−CH(NH2)−COOH
B-type natriuretic peptide (BNP)، ایک ہارمون جو بنیادی طور پر دل کے وینٹریکلز کے ذریعہ دل کے پٹھوں کے خلیات کی ضرورت سے زیادہ کھینچنے کے جواب میں پیدا ہوتا ہے۔ یہ بلڈ پریشر اور سیال توازن کو منظم کرنے میں اہم کردار ادا کرتا ہے، بنیادی طور پر vasodilation کو فروغ دے کر اور گردوں کے ذریعے سوڈیم کے اخراج کو بڑھا کر۔
t-Butyloxycarbonyl (Boc) پیپٹائڈ کی ترکیب میں ایک بہت ہی تیزابی-لیبیلیا-امینو کی حفاظت کرنے والا گروپ ہے، اسے TFA/methylene کلورائیڈ (1:1)، ethyl acetate یا dioxane میں HCl، 98% فارمک ایسڈ کے ذریعے کلیویج کیا جا سکتا ہے۔
2-(4-Biphenylyl)isopropyloxycarbonyl (Bpoc) پیپٹائڈ کی ترکیب میں ایک بہت ہی تیزابی-لیبیلیا -امینو کی حفاظت کرنے والا گروپ ہے، جس کو 1% TFA/میتھیلین کلورائیڈ کے ذریعے کلیویج کیا جا سکتا ہے۔
2، 4، اور 8 شاخوں والے پیپٹائڈس کو حکمت عملی کے ساتھ پیپٹائڈ کی ترتیب میں لائسین، ارجینائن، یا گلوٹامک ایسڈ ڈال کر حاصل کیا جا سکتا ہے۔
t-Butyldimethylsilyl (TBS یا TBDMS) Fmoc-SPPS کے ساتھ ہم آہنگ ایک ہائیڈروکسیل پروٹیکٹنگ گروپ ہے۔ یہ تیزابیت سے بھرا ہوا ہے اور فلورائیڈ آئنوں کے ذریعہ اسے منتخب طور پر صاف کیا جاسکتا ہے۔
بینزول ایک ایسیل گروپ ہے جو اکثر پیپٹائڈس کے این ٹرمینس پر متعارف کرایا جاتا ہے۔ یہ ایسٹیل (Ac) سے کم قطبی ہے اور مستقل ترمیم کے طور پر ہوسکتا ہے۔
بینزائل (Bzl) ایک الکائل کی باقیات اور ایک سائیڈ چین پروٹیکٹنگ گروپ جو پیپٹائڈ کی ترکیب میں الکوحل (Ser، Thr، Hyp) کو روکنے کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ اسے مضبوط تیزاب یا کیٹلیٹک ہائیڈروجنولیسس (مثلاً ہائیڈروجن/Pd) کے ذریعے کلیو کیا جا سکتا ہے۔
Cholecystokinin (CCK) ایک پیپٹائڈ ہارمون ہے جو اوپری آنت کے میوکوسا سے تیار ہوتا ہے اور مرکزی اعصابی نظام میں پایا جاتا ہے۔ یہ پتتاشی کے سنکچن، لبلبے کے انزائم کے اخراج کو تحریک دیتا ہے، اور معدے کے مختلف عمل کو متاثر کرتا ہے۔
Calcitonin gene-related peptide (CGRP) ایک 37-امائنو ایسڈ پیپٹائڈ ہے جو کیلسیٹونن، امیلین، اور ایڈرینومیڈولن سے متعلق ہے۔ یہ دو شکلوں میں موجود ہے، -CGRP (CGRP I) اور -CGRP (CGRP II)، اسی طرح کی حیاتیاتی سرگرمیوں کے ساتھ۔ CGRP بنیادی طور پر حسی اور مرکزی نیوران میں پایا جاتا ہے، جو قلبی فعل، کیلشیم میٹابولزم، اور فیٹوپلاسینٹل ویسکولر ٹون کو متاثر کرتا ہے۔ اس کے ریسیپٹرز G-پروٹین کے ساتھ مل کر ہیں اور adenylate cyclase کو چالو کرتے ہیں، ligand کی خصوصیت اور سیلولر اسمگلنگ کے لیے رسیپٹر ایکٹیویٹی میں ترمیم کرنے والے پروٹینز (RAMPs) کے ساتھ تعامل کرتے ہیں۔
L-Cyclohexylalanine (Cha) phenylalanine کا ایک غیر قطبی امینو ایسڈ اینالاگ ہے، جہاں خوشبو دار انگوٹھی کو سائکلوہیکسین رنگ سے بدل دیا جاتا ہے۔ یہ متبادل تجربات میں فینیلالینین کی باقیات کو Cha سے بدل کر تعاملات جیسے π-π تعاملات میں خوشبودار امینو ایسڈ کے کردار کا مطالعہ کرنے کی اجازت دیتا ہے۔
L- -Cyclohexylglycine (Chg) ایک غیر قطبی امینو ایسڈ ہے جو جراثیمی طور پر رکاوٹ ہے۔ یہ ایک اہم فارماسیوٹیکل انٹرمیڈیٹ کے طور پر کام کرتا ہے اور قدرتی مصنوعات میں بھی پایا جاتا ہے۔
کولیسٹرول قدرتی طور پر جگر اور جسم کے دیگر خلیات کے ذریعے پیدا ہوتا ہے، لیکن یہ ہمارے کھانے سے بھی آ سکتا ہے، خاص طور پر جانوروں کی مصنوعات جیسے گوشت، پولٹری، اور مکمل چکنائی والی دودھ کی مصنوعات سے۔ کولیسٹرول کو پیپٹائڈس سے جوڑا جا سکتا ہے تاکہ فارماکوکینیٹکس کو بہتر بنایا جا سکے۔
cis-Hydroxyproline، قدرتی ٹرانس ہائیڈروکسائپرولین کا سٹیریوائزومر۔
ارجینائن کی باقیات کی پوسٹ ٹرانسلیشنل انزیمیٹک ترمیم کے نتیجے میں سائٹرولائن پروٹین میں موجود ہے۔
CMK ایک RSK2 kinase inhibitor ہے جس میں اسی طرح کی طاقت ہے لیکن FMK سے کم کیمیائی استحکام ہے۔
C-type natriuretic peptide (CNP) vascular endothelial خلیات کے ذریعے ایک پیپٹائڈ ہے، جو اس کے vasodilatory اثرات کے لیے جانا جاتا ہے۔ یہ ایٹریل اور دماغی نیٹریوریٹک پیپٹائڈس (اے این پی اور بی این پی) سے ساختی اور جسمانی مماثلت کو ظاہر کرتا ہے۔
L- -Cyclopentylglycyl (Cpg)، ایک غیر قطبی امینو ایسڈ ہے جو سٹرائیلی طور پر رکاوٹ ہے۔
پیپٹائڈ کی ترتیب میں، وہ منفرد باقیات جو اس کے امینو گروپ کے ذریعے لکیری ترتیب سے منسلک ہوتے ہیں، اسے ایک آزاد کاربوکسی گروپ کے ساتھ چھوڑ دیتے ہیں۔
سائینائن 3 ایک سرخ فلوروسینٹ سائینائن ڈائی ہے جو عام طور پر 558 nm کے ارد گرد روشنی کے منبع سے پرجوش ہوتا ہے اور تقریباً 572 nm پر روشنی خارج کرتا ہے۔
سائینائن 5 ایک سائینائن ڈائی فلوروفور ہے جو عام طور پر 646 nm کے ارد گرد روشنی کے ذریعہ اور تقریباً 664 nm پر روشنی خارج کرنے والے قریب اورکت فلوروسینس کو خارج کرتا ہے۔
L- , -Diaminobutyric acid ایک ω-diamino ایسڈ ہے، جو ornithine (Orn) اور lysine (Lys) کا ایک چھوٹا سا اینالاگ ہے۔ مناسب تحفظ کے ساتھ، ω-ڈامینو ایسڈز کو ان کی Nω پوزیشن پر منتخب طور پر تبدیل کیا جا سکتا ہے یا برانچڈ پیپٹائڈس یا ڈینڈرائمرز بنانے کے لیے شامل کیا جا سکتا ہے۔
3-(Dimethylaminoazo)بینزین-4-کاربو آکسیلک ایسڈ، ایک کروموفور ہے جو بائیو کیمسٹری اور مالیکیولر بائیولوجی ایپلی کیشنز میں استعمال ہونے والے امینو گروپس سے منسلک ہے جو فلوروسینس ریزوننس انرجی ٹرانسفر (FRET) میں بجھانے والے کے طور پر استعمال ہوتا ہے، جیسے EDANS کے ساتھ۔ 454 nm پر DABCYL کا جوش۔
Dabsyl ,4-dimethylaminobenzenesulfonyl chloride، ایک کروموفور جو امینو گروپس سے جڑا ہوا ہے جو مرکب میں بجھانے والے کے طور پر استعمال ہوتا ہے، جیسے EDANS کے ساتھ۔ 436 nm پر Dabsyl کا جوش۔
4-Dimethylamino-1-naphthalene-sulfonyl، ایک فلوروفر جو امینو گروپس سے منسلک ہے، 342 nm پر جوش، 562 nm پر اخراج۔
L- , -Diaminopropionic acid (Dap یا Dpr) ایک ω-diamino ایسڈ ہے، جو diaminobutyric acid (Dab)، ornithine (Orn)، اور lysine (Lys) کا ایک چھوٹا اینالاگ ہے۔ ω-diamino ایسڈ کے ترمیم شدہ مشتق کو ان کی Nω پوزیشن پر منتخب طور پر تبدیل کیا جا سکتا ہے یا برانچڈ پیپٹائڈس یا ڈینڈرائمرز بنانے کے لیے شامل کیا جا سکتا ہے۔
1-(4,4-Dimethyl-2,6-dioxocyclohex-1-ylidene)ethyl (Dde) ایک امینو پروٹیکٹنگ گروپ ہے جو پیپٹائڈ کی ترکیب میں استعمال ہوتا ہے۔ اسے ڈائمتھائلفارمائڈ (DMF) میں 2% ہائیڈرزائن ہائیڈریٹ کا استعمال کرتے ہوئے منتخب طور پر کلیو کیا جاسکتا ہے۔ Nω-Dde Fmoc سالڈ فیز پیپٹائڈ سنتھیسز (SPPS) کے بعد امینو ایسڈ جیسے ڈیپ، ڈیب، آرن، یا لائس سے ڈی ڈی کو مخصوص طور پر ہٹانے کی اجازت دیتا ہے، جس سے Nω-امینو گروپ کی آن ریزین ترمیم کی سہولت ملتی ہے۔
ڈسلفائیڈ بانڈز ہم آہنگی بانڈ ہیں جو پروٹین میں سسٹین کی باقیات کے دو سلف ہائیڈرل (-SH) گروپوں کے درمیان بنتے ہیں۔
2,4-dimethoxybenzyl ایک ایسڈ لیبل فارمامائڈ پروٹیکٹنگ گروپ ہے جو پیپٹائڈ کی ترکیب میں ریڑھ کی ہڈی میں ردوبدل کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ انہیں سالڈ فیز پیپٹائڈ سنتھیسز (SPPS) کے دوران امینو ایسڈ یا dipeptide Fmoc-Dmb (Fmoc-Xaa-DmbYaa-OH) کے طور پر شامل کیا جاتا ہے، جہاں Fmoc پیپٹائڈ کی جمع کو روکتا ہے اور اس طرح موثر طوالت کو فروغ دیتا ہے۔ Dmb سائکلائزیشن کے رد عمل کو بھی فروغ دیتا ہے اور asparagimide کی تشکیل کو روکتا ہے۔ Hmb مشتقات کے برعکس، Dmb ایکٹیویشن کے دوران بینزوکسازپائنز نہیں بناتا ہے۔
Dnp ٪7b٪7b0٪7d٪7d٪2c٪7b٪7b1٪7d٪7ddinitrophinyl
2,4-Dinitrophenyl ایک کروموفور ہے جو امینو گروپس سے جڑا ہوا ہے، عام طور پر فلوروسینس ریزوننس انرجی ٹرانسفر (FRET) سبسٹریٹس میں بجھانے والے کے طور پر استعمال ہوتا ہے۔
4,4′-Dimethoxydityl، جسے bis-(4-methoxyphenyl)methyl کے نام سے بھی جانا جاتا ہے، ایک ایسڈ لیبل کاربوکسامائڈ کی حفاظت کرنے والا گروپ ہے جو Fmoc سالڈ فیز پیپٹائڈ سنتھیسس (SPPS) کے ساتھ مطابقت رکھتا ہے۔
DOPA, 3,4-dihydroxyphenylalanine، کئی اہم نیورو ٹرانسمیٹروں کا پیش خیمہ ہے، بشمول ڈوپامائن، نوریپینفرین، اور ایپی نیفرین۔
(4,7,10-Tricarboxymethyl-1,4,7,10-tetraazacyclododecyl)-acetic acid، جس کا مخفف DOTA ہے، ایک سائیکلک چیلیٹر ہے جو عام طور پر پیپٹائڈس کے N-ٹرمینس سے منسلک ہوتا ہے۔ DOTA مختلف بائیو میڈیکل ایپلی کیشنز بشمول امیجنگ اور ٹارگٹڈ تھراپی کے لیے 68Ga یا 90Y جیسے radionuclides کے ساتھ پیپٹائڈس کے لیبلنگ کی سہولت فراہم کرتا ہے۔
Diphenylmethyl (dityl)، ایک ایسڈ لیبل N-، O-، اور S- تحفظ دینے والا گروپ۔
Diethylenetriaminepentaacetic acid (DTPA) radionuclides جیسے (68)Ga، (99m)Tc اور (111)In کے لیے ایک مفید چیلیٹنگ ایجنٹ ہے، جو نیوکلیئر میڈیسن امیجنگ پر لاگو ہوتے ہیں۔
5-[({{1}Aminoethyl)amino]naphthalene-1-سلفونک ایسڈ (EDANS) ایک فلوروفور ہے جو عام طور پر لائسین جیسے ڈائمینو ایسڈ کے Nω سے منسلک ہوتا ہے۔ یہ اکثر FRET سبسٹریٹس میں استعمال ہوتا ہے، عام طور پر DABCYL جیسے بجھانے والوں کے ساتھ جوڑا بنایا جاتا ہے۔ EDANS کی اتیجیت طول موج 340 nm ہے اور 490 nm پر خارج ہوتی ہے۔
اینڈوتھیلیئل مونوسائٹ کو فعال کرنے والے پولی پیپٹائڈ.
ایتھل، ایک الکائل گروپ اور میتھائل (Me) کا ہومولوگ پیپٹائڈس میں مستقل N- اور S-ethylation ترمیم کے لیے استعمال ہوتا ہے۔
ایپیٹوپ میپنگ (اینٹیجن ایپیٹوپ میپنگ) ایک تکنیک ہے جو کسی اینٹیجن پر مخصوص علاقوں (یعنی اینٹیجن ایپیٹوپس) کا تعین کرنے کے لئے استعمال ہوتی ہے جسے اینٹی باڈیز یا مدافعتی نظام کے ذریعہ پہچانا جاسکتا ہے۔ اینٹیجن ایپیٹوپس کو لکیری ایپیٹوپس اور کنفارمیشنل ایپیٹوپس میں تقسیم کیا جاسکتا ہے۔ اینٹیجن ایپیٹوپ میپنگ کے ذریعے، ہم اینٹیجن کی ساخت اور کام کے درمیان تعلق کو گہرائی سے سمجھ سکتے ہیں، جو ویکسین کی نشوونما، بیماری کی تشخیص، امیونو تھراپی اور دیگر پہلوؤں میں بہت اہمیت رکھتا ہے۔
کچھ عام طور پر استعمال ہونے والے اینٹیجن ایپیٹوپ میپنگ کے طریقوں میں شامل ہیں:
ایکس رے کرسٹالگرافی: یہ اینٹیجن کی سہ جہتی ساخت کا براہ راست تجزیہ کر سکتا ہے، اس طرح ایپیٹوپ کی پوزیشن کا تعین کرتا ہے۔
نیوکلیئر مقناطیسی گونج: اس کا استعمال اینٹیجن کی ساخت کا تجزیہ کرنے کے لیے بھی کیا جا سکتا ہے تاکہ ایپیٹوپ کا تعین کیا جا سکے۔
پیپٹائڈ اسکیننگ کی تکنیک: مصنوعی پیپٹائڈ سیگمنٹس کو اوورلیپ کرنے کی ایک سیریز کا استعمال کرتے ہوئے اس ایپیٹوپ کی شناخت کرنے کے لیے جو اینٹی باڈی سے منسلک ہے۔
مثال کے طور پر، ویکسین کی تحقیق اور ترقی میں، اینٹیجن پر کلیدی ایپیٹوپس کو واضح کرنے سے زیادہ موثر ویکسین ڈیزائن کرنے اور زیادہ ہدفی مدافعتی ردعمل پیدا کرنے میں مدد ملتی ہے۔ بیماری کی تشخیص میں، مخصوص بیماریوں سے متعلق اینٹیجن ایپیٹوپس کا تعین کرنے سے زیادہ درست تشخیصی ریجنٹس تیار ہو سکتے ہیں۔
5-FAM (5-Carboxyfluorescein) ایک فلوروفور ہے جو عام طور پر بائیو مالیکیولز کو لیبل لگانے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے، جس کی اتیجیت طول موج 490 nm اور اخراج 520 nm ہے۔
فلوروسین-6-کاربونیل ایک فلوروفور ہے جو امینو گروپس سے منسلک ہوتا ہے، جس کی اتیجیت طول موج 490 nm اور اخراج 520 nm ہے۔
Fluorescein isothiocyanate (FITC) ایک فلوروفور ہے جو امینو گروپس کے ساتھ رد عمل ظاہر کرتا ہے۔ پیپٹائڈ کو اس کے N-ٹرمینس پر FITC کے ساتھ ٹیگ کرتے وقت، ایک اسپیسر جیسے -alanine یا Ahx کو عام طور پر داخل کیا جاتا ہے۔ FITC کی اتیجیت طول موج 490 nm اور اخراج 520 nm ہے۔
9-Fluorenylmethyl ایک بیس لیبل پروٹیکشن گروپ ہے جو O- اور S- پروٹیکشن کے لیے استعمال ہوتا ہے۔
FMK، fluoromethyl ketone، RSK2 kinase کا ایک ناقابل واپسی روکنے والا ہے۔
9-Fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc)، FMOC سالڈ فیز ترکیب میں امینو تحفظ دینے والا گروپ، 20% پائپریڈین/DMF کے ساتھ ہٹایا جا سکتا ہے۔
فارمائل ایک انڈول پروٹیکشن گروپ ہے جو Boc-SPPS میں استعمال ہوتا ہے۔ Trp(For) کو HF کے ذریعے مرکاپٹن کی موجودگی میں یا پائپریڈائن جیسے اڈوں کے ذریعے صاف کیا جاتا ہے۔
فلوروسینس ریزوننس انرجی ٹرانسفر (FRET) ایک پرجوش فلوروفور (عطیہ کنندہ) سے ایک مناسب قبول کرنے والے (بجھانے والے) کو غیر شعاع توانائی کی منتقلی ہے۔ منتقلی کا انحصار فاصلہ، ڈوپول اورینٹیشن، اور ڈونر اور قبول کنندہ کے سپیکٹرل اوورلیپ پر ہوتا ہے۔ FRET سبسٹریٹس میں، فلوروفور اور بجھانے والا پیپٹائڈ چین کے ذریعے جڑے ہوئے ہیں۔ انزیمیٹک کلیویج ڈونر اور قبول کنندہ کو الگ کرکے فلوروسینس کو بڑھاتا ہے۔
فلوروسینس کسی مادے سے خارج ہونے والی روشنی ہے جو روشنی یا دیگر برقی مقناطیسی تابکاری کو جذب کرتی ہے۔ یہ اس وقت ہوتا ہے جب فلوروفورس نامی مالیکیول ایک مخصوص طول موج کے فوٹون جذب کرتے ہیں، پرجوش ہوجاتے ہیں، اور پھر فوٹون خارج کرتے ہیں اور اپنی زمینی حالت میں واپس آتے ہیں۔ خارج ہونے والی روشنی میں عام طور پر جذب شدہ روشنی سے زیادہ طول موج اور کم توانائی ہوتی ہے، جس کے نتیجے میں ایک خصوصیت فلوروسینس سپیکٹرم ہوتا ہے۔ یہ رجحان مختلف سائنسی اور طبی مقاصد کے لیے وسیع پیمانے پر استعمال ہوتا ہے، بشمول مائکروسکوپی، فلو سائٹومیٹری، اور فلوروسینس سپیکٹروسکوپی۔
گیسٹرک انحیبیٹری پولی پیپٹائڈ (جی آئی پی)، جسے گلوکوز پر منحصر انسولینوٹروپک پیپٹائڈ بھی کہا جاتا ہے، ہارمونز کے سیکریٹن خاندان سے تعلق رکھتا ہے۔ یہ انسولین کے اخراج کو متحرک کرتا ہے، گیسٹرک ایسڈ کے اخراج کو روکتا ہے، اور انسولین کے اخراج اور گلوکوز ہومیوسٹاسس کو منظم کرنے میں اہم کردار ادا کرتا ہے۔
L- -Carboxyglutamic acid (Gla) گلوٹامک ایسڈ کے بعد از ترجمہ کاربو آکسیلیشن کے ذریعے بنتا ہے، جس کے نتیجے میں پروٹین جو کیلشیم آئنوں کو باندھنے کی صلاحیت رکھتے ہیں، جیسے کہ اوسٹیوکالسن۔ Gla پر مشتمل پیپٹائڈز مثالی طور پر Fmoc solid-phase peptide synthesis (SPPS) کا استعمال کرتے ہوئے ترکیب کیے جاتے ہیں، کیونکہ Gla مضبوط تیزاب کی موجودگی میں گلوٹامک ایسڈ پیدا کرنے کے لیے ڈیکربوکسیلیشن سے گزر سکتا ہے۔
گلوکاگن نما پیپٹائڈس پیپٹائڈ ہارمونز کے گلوکاگن سپر فیملی کے ممبر ہیں جو پروگلوکاگن کے سی ٹرمینل ریجن سے اخذ کیے گئے ہیں۔ وہ بنیادی طور پر آنتوں کے L خلیوں کے ذریعہ ترکیب ہوتے ہیں۔
گوناڈوٹروپین جاری کرنے والا ہارمون (LHRH) ایک ڈیکیپیپٹائڈ ہارمون ہے جو ہائپوتھلامک نیورو سیکریٹری خلیوں میں تیار ہوتا ہے اور پٹیوٹری پورٹل گردش میں پلسٹائل برسٹ میں جاری ہوتا ہے۔ پلسٹائل سراو تولیدی افعال، جنسی نشوونما اور تفریق کے لیے اہم ہے۔
گروتھ ہارمون ریلیز کرنے والا ہارمون (GHRH)، جسے somatorelin بھی کہا جاتا ہے، ایک ہائپوتھلامک پیپٹائڈ ہارمون ہے جو پیٹیوٹری غدود کو ترقی کے ہارمون کو جاری کرنے اور ترکیب کرنے کے لیے متحرک کرتا ہے۔
گروتھ ہارمون ریلیز کرنے والا ہارمون (GHRH)، جسے somatorelin بھی کہا جاتا ہے، ایک ہائپوتھلامک پیپٹائڈ ہارمون ہے جو پیٹیوٹری غدود کو ترقی کے ہارمون کو جاری کرنے اور ترکیب کرنے کے لیے متحرک کرتا ہے۔
ہیومن لیوکوائٹ اینٹیجن (HLA) سے مراد خلیوں کی سطح پر پائے جانے والے پروٹینوں کا ایک گروپ ہے جو مدافعتی نظام کے غیر ملکی مادوں کی شناخت میں اہم کردار ادا کرتا ہے۔ وہ انسانوں میں بڑے ہسٹو کمپیٹیبلٹی کمپلیکس (MHC) جینز کے ذریعے انکوڈ کیے گئے ہیں اور T خلیوں میں اینٹیجنز کی پیشکش کے لیے ضروری ہیں، جس سے مدافعتی نظام کو خود اور غیر خود خلیوں میں فرق کرنے کے قابل بناتا ہے۔ HLA مالیکیولز انتہائی متنوع اور کثیر المثل ہیں، جو انفرادی مدافعتی ردعمل اور خود کار قوت مدافعت کی بیماریوں اور ٹرانسپلانٹ کو مسترد کرنے کے لیے حساسیت میں نمایاں کردار ادا کرتے ہیں۔
2-ہائیڈروکسی-4-میتھوکسی بینزائل ایک ایسڈ لیبل فارمامائڈ کی حفاظت کرنے والا گروپ ہے جو پیپٹائڈ کی ترکیب میں ریڑھ کی ہڈی میں ردوبدل کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ یہ ایک امینو ایسڈ یا Fmoc-Hmb dipeptide (Fmoc-Xaa-HmbYaa-OH) کے طور پر ٹھوس مرحلے Fmoc پیپٹائڈ ترکیب (SPPS) کے دوران شامل کیا جاتا ہے، جمع کو روکتا ہے اور پیپٹائڈ کی موثر توسیع کو چالو کرتا ہے۔ Hmb سائیکلائزیشن کے رد عمل میں بھی مدد کرتا ہے اور asparagine کی تشکیل کو روکتا ہے۔
L-Homoarginine L-arginine کا ایک ہومولوگ ہے، جسے مختصراً Har کہا جاتا ہے، اور یہ پلازما اور پیشاب میں پایا جا سکتا ہے۔ Homoarginine lysine کے guanidination کا نتیجہ ہے، جو پیپٹائڈس اور پروٹین پر بھی انجام دیا جا سکتا ہے۔
Homocitrulline L-citrulline کا ایک ہومولوگ ہے، جسے مختصراً Hci کہا جاتا ہے، اور انسانی پیشاب میں اس کا پتہ لگایا جا سکتا ہے۔
L-homocysteine cysteine کا ایک homologue ہے، جسے مختصرا Hcy کہا جاتا ہے، اور میتھیونین کے demethylation سے تیار ہوتا ہے۔ خون میں Hcy کی سطح بلند ہونا قلبی اور نیوروڈیجنریٹی بیماریوں کے لیے خطرے کا عنصر ہے۔ Cys مشتقات کے برعکس، Hcy مشتق جوڑے کے دوران دوڑتے نہیں ہیں، اور نہ ہی -elimin۔
L-leucine کے ہومولوگس، مختصراً Hle۔
Homophenylalanine، phenylalanine کا ایک ہومولوگ، Hph کے طور پر مخفف ہے، ACE اور renin inhibitors کا ایک جزو ہے۔ Fmoc-Homophe-OH ایک ممکنہ اینٹی سوزش والی دوا ہے۔
L-homoproline یا L-picolic ایسڈ، مختصراً Pip یا Hpr۔ پرولین ہومولوگ Hpr L-lysine کی تنزلی کی پیداوار ہے۔ انسانی پلازما میں دونوں enantiomers کا پتہ لگایا جا سکتا ہے. چونکہ پرولین کی باقیات پیپٹائڈ کی تشکیل پر سختی سے اثر انداز ہوتی ہیں، اس لیے پرو کو Hpr (یا azetidine-2-carboxylic acid (Aze)) سے تبدیل کرنا اس کی ثانوی ساخت کو بدل سکتا ہے۔
L-transhydroxyproline پرولین کے آکسیکرن کے ذریعہ ترجمہ کے بعد تیار کیا جاتا ہے۔ Hyp کولیجن اور mussel پروٹین کا ایک اہم جزو ہے۔
Isoserine، L-serine کا ایک isomer، ایک امینو ایسڈ ہے۔
ivDde، ایک امینو پروٹیکشن گروپ، کو DMF میں 2% ہائیڈرزائن ہائیڈریٹ کے ذریعے غیر محفوظ اور کلیو کیا جا سکتا ہے۔ ivDde Fmoc-SPPS کے دوران بار بار متعدد پائپریڈائن علاج کرنے کے لیے Dde سے زیادہ مستحکم ہے۔ Nω-ivDde کو منتخب طور پر Dap، Dab Orn، یا Lys سے ہٹایا جا سکتا ہے، جس سے Nω-امینو گروپ میں بعد از مصنوعی آن رال ترمیم کی اجازت دی جا سکتی ہے۔
کیہول لمپٹ ہیموکیانین (KLH) ایک بڑا آکسیجن لے جانے والا ملٹی سبونٹ میٹالوپروٹین ہے جو دیو ہیم ہول لمپٹ ہیموکیانین کے ہیمولیمف میں پایا جاتا ہے۔ ایک اینٹیجن کیریئر کے طور پر، KLH عام طور پر ٹارگٹ پولی پیپٹائڈ کی ترتیب کو جوڑنے کے ذریعے مدافعتی صلاحیت اور اینٹیجن فکسنگ کی صلاحیتوں کو بڑھاتا ہے، جس سے موثر، مخصوص اور فعال اینٹی باڈیز کی نسل کو نمایاں طور پر فروغ ملتا ہے۔
Luteinizing ہارمون جاری کرنے والا ہارمون (LHRH یا GnRH) ایک ڈیکیپیپٹائڈ ہارمون ہے جو ہائپوتھیلمس کے اندر نیورو سیکرٹری خلیوں کے ذریعہ ترکیب کیا جاتا ہے اور پٹیوٹری پورٹل گردش میں پلسیٹیلی طور پر جاری کیا جاتا ہے۔ پلسٹائل سراو تولیدی فعل، جنسی نشوونما اور تفریق کے لیے اہم ہے۔
پیپٹائڈ ڈیزائن اور ترکیب میں، ریسرچر بائیوٹن یا فلوروسینٹ اور پیپٹائڈس کے درمیان ایک لنکر ڈال سکتے ہیں۔ ایک عام ہائیڈروفوبک اسپیسر امینوہیکسانوک ایسڈ (Ahx) ہے، اور ایک عام ہائیڈرو فیلک اسپیسر پولی (ایتھیلین) گلائکول (پی ای جی) ہے۔
منجمد خشک کرنے کا عمل، جو گرمی سے حساس مواد سے مائع نکالتا ہے۔ مواد کو منجمد کیا جاتا ہے، اعلی ویکیوم کے نیچے رکھا جاتا ہے، اور کم درجہ حرارت پر رکھا جاتا ہے۔ خلا سے پیدا ہونے والا دباؤ برف کو مائع حالت سے گزرے بغیر ٹھوس سے گیسی حالت میں تبدیل کرنے کا سبب بنتا ہے۔ پیپٹائڈس عام طور پر لائوفیلائزڈ پاؤڈر کے طور پر فراہم کیے جاتے ہیں۔
Liquid Chromatography-Mass Spectrometry ایک ورسٹائل تجزیاتی تکنیک ہے جو مائع کرومیٹریگرافی کو ماس سپیکٹرومیٹری کے ساتھ مربوط کرتی ہے تاکہ پیچیدہ نمونوں کے اندر مالیکیولز کی ساخت اور ساخت کے بارے میں تفصیلی معلومات فراہم کی جا سکے۔
متعدد اینٹیجینک پیپٹائڈس۔ ایک سے زیادہ اینٹی جینک پیپٹائڈ ہائی ٹائٹر اینٹی پیپٹائڈ اینٹی باڈیز اور مصنوعی پیپٹائڈ ویکسین تیار کرنے کا ایک طاقتور طریقہ ہے۔
میٹرکس اسسٹڈ لیزر ڈیسورپشن/آئنائزیشن ماس سپیکٹرو میٹری (MALDI-MS) ایک تجزیاتی تکنیک ہے جو آئنوں کے بڑے سے چارج تناسب کی پیمائش کے لیے استعمال ہوتی ہے۔ یہ خاص طور پر حیاتیاتی مالیکیولز جیسے پیپٹائڈس، پروٹینز اور پولیمر کے تجزیہ کے لیے مفید ہے۔
ماس سپیکٹرو میٹری (MS) ایک طاقتور تجزیاتی تکنیک ہے جو آئنوں کے ماس ٹو چارج تناسب (m/z) کی پیمائش کے لیے استعمال ہوتی ہے۔
4-Methoxy- -naphthylamide، جس کا مخفف MNA ہے، ایک فلوروفور ہے جو عام طور پر C ٹرمینس پر کاربوکسی پیپٹائڈیس سبسٹریٹ سے منسلک ہوتا ہے۔ کلیویڈ 4M NA 335-350 nm پر جوش دیتا ہے اور 410-440 nm پر خارج ہوتا ہے
Methoxybenzenesulfonyl (Mbs) ایک guanidyl تحفظ دینے والا گروپ ہے جو Boc پر مبنی ٹھوس فیز پیپٹائڈ ترکیب (Boc-SPPS) میں استعمال ہوتا ہے۔ اس حفاظتی گروپ کو ہائیڈروجن فلورائیڈ (HF) کے ساتھ درار کے ذریعے محفوظ کیا جا سکتا ہے۔
4-Methylbenzyl (Mbzl) ایک سلف ہائیڈرل پروٹیکٹنگ گروپ ہے جو Boc-based solid-phase peptide synthesis (Boc-SPPS) میں استعمال ہوتا ہے۔ Mbzl بار بار ٹرائی فلوروسیٹک ایسڈ (TFA) علاج کے تحت methoxybenzyl (Mob) سے زیادہ مستحکم ہے اور اسے ہائیڈروجن فلورائیڈ (HF) کلیویج سے ہٹایا جا سکتا ہے۔
(7-Methoxycoumarin-4-yl) acetic acid (Mca) ایک فلوروفور ہے جسے امینو گروپ سے جوڑا جا سکتا ہے۔
Mca فلوروسینس ریزوننس انرجی ٹرانسفر (FRET) سبسٹریٹس کے لیے dinitrophenyl (Dnp) سے منسلک ہے۔ اتیجیت طول موج 325 nm ہے، اور اخراج طول موج 392 nm ہے۔
میلانین سنسٹریٹنگ ہارمون (MCH) ایک سائیکلک نیوروپپٹائڈ ہے جو پہلے مچھلی اور چوہوں سے الگ تھلگ ہوتا ہے۔ MCH بنیادی طور پر ٹیلوسٹ مچھلی میں جلد کے رنگت کو منظم کرنے اور ستنداریوں میں کھانا کھلانے کے رویے میں شامل ہے۔
میتھائل، سب سے آسان الکائل کا متبادل، N-، O-، اور S-میتھیلیشن میں شامل ہے، جو پیپٹائڈ کی مستقل ترمیم کو تشکیل دیتا ہے۔
3-Methoxysuccinyl، deaminated Asp(OMe) کے مساوی، ایک قطبی N-ٹرمینل بلاک کرنے والا گروپ ہے جو عام طور پر کاربوکسی پیپٹائڈیس سبسٹریٹس میں شامل ہوتا ہے۔
میتھیلیشن پیپٹائڈس اور پروٹینوں کی ایک پوسٹ ٹرانسلیشنل ترمیم (PTM) ہے جہاں ایک میتھائل گروپ (-CH3) کو مخصوص امینو ایسڈ کی باقیات میں انزیمیٹ طور پر شامل کیا جاتا ہے، عام طور پر لائسین (Lys)، ارجنائن (Arg)، ہسٹائڈائن (His)، یا گلوٹامیٹ (His) گلو)۔ یہ ترمیم پروٹین کے فنکشن، استحکام، اور دوسرے مالیکیولز کے ساتھ تعاملات کو نمایاں طور پر متاثر کر سکتی ہے، اس طرح جین کے اظہار، سگنل کی نقل و حمل، اور پروٹین-پروٹین کے تعامل سمیت متنوع سیلولر عمل کو منظم کرنے میں اہم کردار ادا کرتی ہے۔
میجر ہسٹو کمپیٹیبلٹی کمپلیکس (MHC) ایک جینیاتی خطہ ہے جس میں جین ہوتے ہیں جو MHC مالیکیولز کو انکوڈ کرتے ہیں۔ یہ مالیکیول مدافعتی نظام اور خود کار قوت مدافعت میں اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ انسانوں میں اس کمپلیکس کو ہیومن لیوکوائٹ اینٹیجن (HLA) سسٹم کے نام سے بھی جانا جاتا ہے۔
MHC کلاس I (MHC I) مالیکیول سیل کی سطحوں پر پروٹین ہوتے ہیں جو سیل کے اندر سے پیپٹائڈس کو سائٹوٹوکسک ٹی سیلز میں پیش کرتے ہیں۔ اس سے مدافعتی خلیوں کو متاثرہ یا غیر معمولی خلیوں کو پہچاننے اور تباہ کرنے میں مدد ملتی ہے، جو پیتھوجینز اور کینسر کے خلاف مدافعتی دفاع کے لیے اہم ہیں۔
MHC کلاس II (MHC II) مالیکیول سیل سطح کے پروٹین ہیں جو غیر ملکی مادوں سے ماخوذ پیپٹائڈس کو مددگار T خلیوں میں پیش کرتے ہیں۔ یہ تعامل مدافعتی ردعمل کو مربوط کرنے اور پیتھوجینز کے خلاف دوسرے مدافعتی خلیوں کو فعال کرنے کے لیے ضروری ہے۔
Monomethylated arginine (MMA) ترجمہ کے بعد کی ایک ترمیم ہے جہاں ایک واحد میتھائل گروپ (-CH3) کو پیپٹائڈ یا پروٹین کے اندر موجود ارجینائن کی باقیات کے گیانیڈینو نائٹروجن میں انزیمیٹ طور پر شامل کیا جاتا ہے۔
3-mercaptopropylamine، کو مختلف بائیو کیمیکل اور بائیو میڈیکل ایپلی کیشنز میں پیپٹائڈ لیگنڈ یا موڈیفائر کے طور پر استعمال کیا جا سکتا ہے۔
Myristoylation ایک لپڈ میں ترمیم کا عمل ہے جس میں ایک myristoyl گروپ، ایک 14-کاربن سیچوریٹڈ فیٹی ایسڈ پر مشتمل ہے، ہم آہنگی سے پیپٹائڈ کے N-ٹرمینس سے منسلک ہوتا ہے۔ یہ ترمیم پروٹین کو سیل جھلی میں لنگر انداز کرنے کا کام کرتی ہے، اس کے لوکلائزیشن اور مختلف سیلولر عمل میں شرکت کی سہولت فراہم کرتی ہے۔
-(1-naphthyl)-L-alanine ایک غیر قطبی امینو ایسڈ مشتق ہے جو فینی لالینین سے ملتا جلتا ہے، لیکن فینائل گروپ کے بجائے نیفتھائل گروپ کے ساتھ۔
-(2-Naphthyl)alanine ایک غیر قطبی امینو ایسڈ مشتق ہے جو فینی لالینین سے ملتا جلتا ہے، لیکن فینائل گروپ کے بجائے نیفتھائل گروپ کے ساتھ۔
3-nitrobenz-2-oxa-1, 3-diazole (NBD) عام طور پر ری ایجنٹ NBD-Cl کو پیپٹائڈ سے جوڑ کر متعارف کرایا جاتا ہے۔ NBD کے لیبل والے پیپٹائڈس کو ان کی افادیت کے لیے وسیع پیمانے پر چنا جاتا ہے جو کہ جھلیوں اور سیل بائیولوجی پر توجہ مرکوز کرتے ہیں۔
N-Ethylamide کو C-terminal alanine کی decarboxylated شکل کے طور پر سمجھا جا سکتا ہے۔ LHRH agonist buserelin میں، NHEt C-terminal glycinamide کے اینالاگ کے طور پر کام کرتا ہے۔ پیپٹائڈ N-ethylamide کاربوکسی پیپٹائڈیسز کے ذریعے انحطاط کے خلاف مزاحم ہے۔
L-norleucine (Nle) L-methionine کا ایک مستحکم isostere ہے۔ جب سلفوکسائڈ کی تشکیل کی وجہ سے پیپٹائڈ کی حیاتیاتی سرگرمی سے سمجھوتہ کیا جاتا ہے، تو Nle کو عام طور پر اس کے فعال رویے کو تبدیل کیے بغیر Met کے لیے تبدیل کیا جا سکتا ہے۔
NOTA, 1,4,7-triazacyclononane-1,4,7-triacetic acid، ایک دو طرفہ چیلیٹر ہے جو PET امیجنگ ٹولز کی تعمیر کے لیے ایک فریم ورک کے طور پر کام کرتا ہے۔ اس کا استعمال پروب ڈیزائن اور سگنل ایمپلیفیکیشن میں ملٹی ویلنٹ اثرات کے ذریعے کیا جاتا ہے اور ممکنہ ایپلی کیشنز کو تشخیصی گیلیم ریڈیو فارماسیوٹیکل کے طور پر رکھتا ہے۔
N-Me عام طور پر N-methylation سے مراد ہے، ایک کیمیائی ترمیم جس میں ایک میتھائل گروپ (-CH 3 ) مالیکیول میں نائٹروجن ایٹم سے منسلک ہوتا ہے، جیسے N-Me-Gly، N-Me-Ser، N-Me -Tyr, N-Me-Thr, N-Me-Asp, N-Me-Glu, N-Me-Ala, N-Me-Phe, N-Me-Leu, N-Me-Ile, N-Me-Val, N-Me-Met, N-Me-Nle, N-Me-Nva, وغیرہ۔
NODAGA,1,4,7-triazacyclononane,1-glutaric acid-4,7-diacetic acid, organometallic radiopharmaceuticals کے ڈیزائن اور ترقی کے لیے ایک شاندار دو طرفہ چیلیٹر ہے، جو اہم پیش کش کرتا ہے۔ تشخیصی امیجنگ اور ٹارگٹڈ ریڈیو تھراپی میں ایپلی کیشنز کا امکان۔
2-Nitrophenylthio (Nps) ایک S-حفاظتی گروپ ہے جو Boc-based solid-phase peptide synthesis (Boc-SPPS) میں استعمال ہوتا ہے۔ اسے تھائیولز کے ذریعے کلیو کیا جا سکتا ہے، خاص طور پر سسٹین (Cys) کے مفت سلف ہائیڈرل گروپ کے ذریعے، جو بیک وقت ڈسلفائیڈ بانڈ کی تشکیل کا باعث بنتا ہے۔
Neuropeptide Y (NPY) دماغ میں ایک نمایاں نیوروپپٹائڈ ہے اور نیوروپپٹائڈ Y خاندان کا حصہ ہے، جس میں لبلبے کی پولی پیپٹائڈ (PP) اور پیپٹائڈ YY (PYY) شامل ہیں۔
2-Nitro-2-pyridylsulfenyl (Npys) ایک S-حفاظتی گروپ ہے جو Boc-based solid-phase peptide synthesis (Boc-SPPS) کے ساتھ مطابقت رکھتا ہے۔ Npys کو thiols کے ذریعے کلیو کیا جا سکتا ہے، خاص طور پر cysteine (Cys) کے مفت سلف ہائیڈرل گروپ کے ذریعے، جس کے نتیجے میں بیک وقت ڈسلفائیڈ بانڈ بنتا ہے۔
نارولین ایک غیر قطبی الیفاٹک امینو ایسڈ ہے اور امینوبٹیرک ایسڈ (ابو) کا ہومولوگ ہے۔
- Naphthylamide ایک فلوروفور ہے جو عام طور پر کاربوکسی پیپٹائڈیس سبسٹریٹس میں استعمال ہوتا ہے، جو عام طور پر پیپٹائڈس کے C-ٹرمنس پر جڑا ہوتا ہے۔ کلیویڈ NA 330 nm پر جوش اور 370 nm پر خارج ہوتا ہے۔
- Naphthylamide ایک فلوروفور ہے جو عام طور پر کاربوکسی پیپٹائڈیس سبسٹریٹس میں استعمال ہوتا ہے، جو عام طور پر پیپٹائڈس کے C-ٹرمنس پر جڑا ہوتا ہے۔ Cleaved NA 320-340 nm پر، اخراج 410-420 nm پر۔
ایلیل ایسٹر ایک کاربوکسائل پروٹیکٹنگ گروپ ہے جو Fmoc- اور Boc-based solid-fase peptide synthesis (SPPS) دونوں کے ساتھ مطابقت رکھتا ہے۔ Aloc کی طرح، allyl esters کو Pd(PPh3)4 کے ساتھ علاج کے ذریعے منتخب طور پر ہٹایا جا سکتا ہے۔ Fmoc-SPPS میں، Asp(OAll) aspartimide کی بنیاد کیٹالائزڈ تشکیل کے لیے حساس ہے۔
بینزائل ایسٹر، کاربوکسائل کی حفاظت کرنے والا گروپ، کیٹلیٹک ہائیڈروجنیشن (مثلاً H2/Pd) یا مضبوط تیزاب کے ذریعے ہٹایا جا سکتا ہے۔
OcHex معیاری کاربوکسیل پروٹیکشن گروپ ہے جو Boc پر مبنی سالڈ فیز پیپٹائڈ سنتھیسس (Boc-SPPS) میں استعمال ہوتا ہے۔
4-(N-[1(4,4-Dimethyl-2,6-dioxocyclohexylidene)-3-ethylbutyl]amino)بینزائل ایسٹر (ODmab) کاربوکسیل کی حفاظت کرتا ہے گروپ Fmoc پر مبنی ٹھوس فیز پیپٹائڈ ترکیب (Fmoc-SPPS) میں استعمال ہوتا ہے۔ اسے DMF میں 2% ہائیڈرازین ہائیڈریٹ کا استعمال کرتے ہوئے کلیو اور غیر محفوظ کیا جا سکتا ہے۔
2،4-Dimethoxybenzyl ester ایک انتہائی تیزابیت والے کاربوکسائل کی حفاظت کرنے والا گروپ ہے جسے ڈائیکلورومیتھین میں 1% TFA استعمال کرکے ہٹایا جا سکتا ہے۔
ایتھائل ایسٹر، ایتھائل ایسٹرز کو ہٹانے کے لیے درکار سخت شرائط کی وجہ سے، ایتھائل ایسٹرز کے ساتھ پیپٹائڈس میں ترمیم کرنے سے ان کی لیپوفلیسیٹی اور استحکام بڑھ سکتا ہے۔
9-Fluorenylmethyl ester ایک بیس لیبل کاربوکسائل پروٹیکٹنگ گروپ ہے جسے DMF میں پائپریڈین کا استعمال کرتے ہوئے ہٹایا جا سکتا ہے۔
Hexyl esters، ethyl esters کو ہٹانے کے لیے درکار سخت شرائط کی وجہ سے، ethyl esters کے ساتھ پیپٹائڈس میں ترمیم کرنے سے ان کی لپو فیلیکٹی اور استحکام میں اضافہ ہو سکتا ہے۔
L-Otahydroindole-2-carboxylic acid (Oic) ایک غیر قطبی رکاوٹ والا امینو ایسڈ ہے۔ پولی پیپٹائڈ کی ترتیب میں اس پرولین سے متعلق امینو ایسڈ کا داخل ہونا پیپٹائڈ کی تشکیل کو سختی سے متاثر کرتا ہے۔
میتھائل ایسٹرز مائع فیز کی ترکیب میں نیم مستقل سی ٹرمینل پروٹیکشن گروپس ہیں، اور انہیں پیپٹائڈ ہائیڈرزائڈز میں تبدیل کیا جا سکتا ہے، جو ری ایکٹیو پیپٹائڈ ایزائڈز کا پیش خیمہ ہے۔ ایزائڈ کپلنگ مائع فیز پیپٹائڈ ترکیب میں فریگمنٹ کپلنگ کا سب سے مشہور طریقہ ہے۔
3-Methylpent-3-yl ester (OMpe) ایک ایسڈ لیبل کاربوکسائل پروٹیکشن گروپ ہے جو اکثر Fmoc پر مبنی ٹھوس فیز پیپٹائڈ سنتھیسز (Fmoc-SPPS) میں ایسپارٹک ایسڈ (Asp) کے کاربوکسائل گروپ کی حفاظت کے لیے استعمال کیا جاتا ہے۔ .یہ زیادہ واضح طور پر مطالبہ کرنے والا tert-butyl ester analogue خاص طور پر بیس کیٹیلائزڈ کو کم کرنے کے لیے تیار کیا گیا تھا۔ asparagimide کی تشکیل.
Boc- یا Z-amino acids کے Ortho-nitrophenyl esters preactivated derivatives ہیں جو پیپٹائڈ محلول کی ترکیب میں استعمال ہوتے ہیں۔
Ornithine (Orn) یوریا سائیکل کے دوران ارجنائن سے پیدا ہوتا ہے اور اسے پیپٹائڈس میں بھی ارجنائن کی کمی کی مصنوعات کے طور پر دیکھا جا سکتا ہے۔ آرجینائن کے گوانائیڈائن موئیٹی کے اکیلیشن کے ذریعے آرن کی تشکیل پیپٹائڈ کی ترکیب میں ایک عام ضمنی رد عمل ہے۔
Hydroxysuccinimide ester (OSu، مختصراً NHS) ایک پری ایکٹیویٹڈ امینو ایسڈ مشتق ہے جو عام طور پر پیپٹائڈ کی ترکیب، خاص طور پر پیپٹائڈ ترمیم میں استعمال ہوتا ہے۔ Osu esters محفوظ، غیر سٹیرک، پانی کے نظام کے ساتھ ہم آہنگ اور ہینڈل کرنے میں آسان ہیں۔
ٹیرٹ بٹائل ایسٹر، پیپٹائڈ کی ترکیب میں امینو ایسڈز کے لیے ایسڈ لیبل کاربوکسائل کی حفاظت کرنے والا گروپ۔
4-امینوبینزوک ایسڈ (پیرا امینوبینزوک ایسڈ)، اینٹی باڈی-ڈرگ کنجوگیٹ لنکرز کی ترکیب کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ مثال کے طور پر، Mal-PEG2-Val-Cit-PABA ایک کلیو ایبل اینٹی باڈی ڈرگ کنجوگیٹ (ADC) لنکر ہے۔
PABC (para-aminobenzyl carbamate) ایک کیمیائی مرکب ہے جو اینٹی باڈی-ڈرگ کنجوگیٹس (ADCs) کی ترکیب میں بطور لنکر استعمال ہوتا ہے۔ یہ منشیات کو اینٹی باڈیز کے ساتھ منسلک کرنے کی سہولت فراہم کرتا ہے، جس سے کینسر کے علاج اور دیگر بائیو میڈیکل ایپلی کیشنز میں منشیات کی ٹارگٹ ڈیلیوری ممکن ہوتی ہے۔ مثال کے طور پر، Mc-Val-Cit-PABC-PNP ایک کیتھیپسن-کلیو ایبل لنکر ہے جو اینٹی باڈی-ڈرگ کنجوگیٹس (ADCs) میں استعمال ہوتا ہے۔
پٹیوٹری ایڈینیلیٹ سائکلیز ایکٹیوٹنگ پولی پیپٹائڈ (PACAP) ایک انتہائی محفوظ نیوروپپٹائڈ ہے جو ممالیہ کے دماغ میں نمایاں طور پر ظاہر ہوتا ہے۔ یہ ریسیپٹر کے تعامل کے ذریعے انٹرا سیلولر سائیکلک AMP کی سطح کو بڑھا کر اپنے حیاتیاتی اثرات مرتب کرتا ہے۔
Palmitoyl، ایک غیر قطبی ایسیل گروپ جو N-ٹرمینس یا سائیڈ پر متعارف کرایا گیا ہے۔ Palmitoylation پروٹین کے بعد از ترجمہ ترمیم کے طور پر بھی دیکھا گیا ہے۔
Phenylacetamide methyl resin ایک رال ہے جو خاص طور پر Boc-based solid-phase peptide synthesis (Boc-SPPS) کے لیے ڈیزائن کی گئی ہے۔ اس رال پر ترکیب شدہ پیپٹائڈس کو HF کلیویج کا استعمال کرتے ہوئے جاری کیا جاسکتا ہے۔
اینٹی باڈی-ڈرگ کنجوگیٹس (ADCs) میں، لنکر اینٹی باڈی کو سائٹوٹوکسک پے لوڈ سے جوڑتا ہے۔ پے لوڈ کا انتخاب اہم ہے کیونکہ یہ مخصوص ریلیز میکانزم کے ذریعے ٹشوز کو نشانہ بنانے کے لیے تھراپی فراہم کرنے میں ADCs کی تاثیر اور خصوصیت کا تعین کرتا ہے۔
2,2,4,6,7-Pentamethyldihydrobenzofuran-5-Sulfonyl (Pbf) Fmoc-based solid-phase peptide synthesis (Fmoc-SPPS) میں استعمال ہونے والا ترجیحی guanidino تحفظ دینے والا گروپ ہے۔ یہ Pmc کے مقابلے میں قدرے زیادہ تیزابیت کی نمائش کرتا ہے۔
Penicillamine L-cysteine کا ایک اینالاگ ہے جس کی خصوصیت میتھائل گروپ (-CH3) کے متبادل کاربو آکسیلک ایسڈ (-COOH) کے ساتھ ہوتی ہے۔
پیپٹائڈ سیلف اسمبلی وہ ہوتا ہے جب پیپٹائڈز قدرتی طور پر بیرونی مداخلت کے بغیر خود کو ترتیب شدہ ڈھانچے میں ترتیب دیتے ہیں۔ یہ عمل غیر ہم آہنگی کے تعاملات جیسے ہائیڈروجن بانڈنگ، ہائیڈروفوبک تعاملات، الیکٹرو اسٹاٹک قوتوں، اور π-π اسٹیکنگ سے چلتا ہے۔ پیپٹائڈ خود اسمبلی مختلف نانو اسٹرکچرز کی تشکیل کا باعث بن سکتی ہے جن میں ریشوں، دائروں، چادروں، اور جیلوں کا استعمال ہوتا ہے، جن میں میٹریل سائنس، بائیوٹیکنالوجی اور طب میں استعمال ہوتا ہے۔
Phenylacetyl (Phenylac یا Phac) ایک ایسیل گروپ ہے جو عام طور پر پیپٹائڈس کے N-ٹرمینس پر جڑا ہوتا ہے، جس کی خصوصیت ایسیٹیل (Ac) کے مقابلے میں کم قطبی ہوتی ہے۔ یہ پیپٹائڈس کی مستقل ترمیم کی تشکیل کرتا ہے۔
فینیلگلائسین (پی ایچ جی) ایک امینو ایسڈ مشتق ہے جہاں ایک فینائل گروپ گلائسین مالیکیول میں ہائیڈروجن ایٹم کی جگہ لیتا ہے۔
Peptide Histidine Isoleucine (PHI)، VIP اور secretin سے متعلق ایک پورسین پیپٹائڈ۔
Peptide histidine methionine (PHM)، ایک انسانی پیپٹائڈ جو VIP سے متعلق ہے۔
آئیسو الیکٹرک پوائنٹ (پی آئی) کو پی ایچ کی سطح کے طور پر بیان کیا جاتا ہے جس پر پروٹین/پیپٹائڈ کا خالص چارج صفر ہوتا ہے (سموچ ایٹ ال۔، 2016)۔
2,2,5,7,8-Pentamethylchroman-6-sulphonyl (Pmc) ایک guanidinyl تحفظ دینے والا گروپ ہے جو عام طور پر Fmoc-based solid-phase peptide synthesis (Fmoc-SPPS) میں استعمال ہوتا ہے۔ یہ پی بی ایف کے مقابلے میں قدرے کم تیزابیت کے باعث جانا جاتا ہے۔
p-Nitroaniline، ایک کروموفور، عام طور پر کاربوکسائپپٹائڈیس سبسٹریٹس کے C-ٹرمینس کے ساتھ جوڑا جاتا ہے۔ آزاد شدہ p-nitroaniline کے جذب کو عام طور پر 405 یا 410 nm کے ارد گرد طول موج پر ماپا جاتا ہے۔
L-Propargylglycine (Pra) مائکروجنزموں کے ذریعہ تیار کیا جاتا ہے۔ یہ امینو ایسڈ، جس کی خصوصیت اس کے ٹرپل بانڈ کی ساخت ہے، کو پیپٹائڈس کی ترکیب سازی کے لیے ایک بنیادی اکائی کے طور پر بہت زیادہ سمجھا جاتا ہے جو "کلک کیمسٹری" کے رد عمل میں شامل ہونے کی صلاحیت رکھتے ہیں، اور میدان میں نمایاں توجہ حاصل کرتے ہیں۔
Parathyroid ہارمون (PTH) ایک پیپٹائڈ ہارمون ہے جو پیراٹائیرائڈ غدود کے ذریعے جاری کیا جاتا ہے، جو کہ خلوی سیال میں کیلشیم اور فاسفورس ہومیوسٹاسس کو برقرار رکھنے کے لیے اہم ہے۔
پروٹین کی پوسٹ ٹرانسلیشنل ترمیم (PTMs) فنکشنل گروپس یا پروٹینز کو شامل کرتی ہیں، ریگولیٹری ذیلی یونٹس کو کاٹتی ہیں، یا پورے پروٹین کو توڑ دیتی ہیں۔ یہ تبدیلیاں، جیسے فاسفوریلیشن، گلائکوسیلیشن، میتھیلیشن، ایسٹیلیشن، لپڈیشن، یوبیکیٹینیشن، نائٹروسیلیشن، اور پروٹولیسس، متاثر کرتی ہیں کہ خلیات کیسے کام کرتے ہیں اور بیماری کے دوران۔ بنیادی تحقیق اور نئے علاج تلاش کرنے کے لیے PTMs کو سمجھنا بہت ضروری ہے۔
پائروگلوٹامک ایسڈ، جسے مخففات سے بھی جانا جاتا ہے جیسے Pgl، Glp، pGlu، یا
phenylazobenzylmethoxycarbonyl ایک chromophoric N-تحفظ کرنے والا گروپ ہے جو پیپٹائڈ کی ترکیب میں استعمال ہوتا ہے، جو کیٹلیٹک ہائیڈروجنیشن یا مضبوط تیزاب کے ذریعے صاف کیا جا سکتا ہے۔ یہ 229 nm، 320 nm، اور 441 nm پر زیادہ سے زیادہ جذب طول موج کی نمائش کرتا ہے۔
ایک بجھانے والا جوڑا فلوروسینٹ مالیکیول (فلوروفور) اور ایک بجھانے والا مالیکیول پر مشتمل ہوتا ہے جو فلوروسینس پر مبنی تحقیق اور اسسیس میں استعمال ہوتا ہے۔ بجھانے والا فلوروفور کی طرف سے خارج ہونے والی روشنی کو جذب کرتا ہے، اس کے فلوروسینس کو کم کرتا ہے۔ جب fluorophore اور quencher کو الگ کیا جاتا ہے، جیسے کہ حیاتیاتی کیمیائی رد عمل کے ذریعے، فلوروسینس سگنل بڑھ جاتا ہے۔ یہ محققین کو حقیقی وقت کی تبدیلیوں اور تعاملات کی پیمائش کرنے کی اجازت دیتا ہے۔ یہ تکنیک عام طور پر ریئل ٹائم پی سی آر، مالیکیولر پروبس، اور FRET (Förster Resonance Energy Transfer) اسسیس جیسی ایپلی کیشنز میں استعمال ہوتی ہے۔
فلورین-18 ایک ریڈیولیگینڈ ہے جو عام طور پر پی ای ٹی امیجنگ میں ٹشوز میں گلوکوز میٹابولزم کا اندازہ لگانے کے لیے استعمال ہوتا ہے اور عام طور پر کینسر کی تشخیص اور دماغی امیجنگ میں استعمال ہوتا ہے۔
بے ترتیب پیپٹائڈ لائبریری
بے ترتیب پیپٹائڈ لائبریری بے ترتیب طور پر پیدا ہونے والے بہت سے مختصر پیپٹائڈ سلسلوں کا مجموعہ ہے۔ لائبریری میں ہر پیپٹائڈ میں تصادفی طور پر طے شدہ ترتیب کے ساتھ امینو ایسڈ کی ایک مخصوص تعداد ہوتی ہے، جس سے پیپٹائڈ مالیکیولز کی ایک متنوع رینج پیدا ہوتی ہے۔ محققین ان لائبریریوں کو مخصوص خصوصیات، حیاتیاتی سرگرمیوں، یا ہدف کے مالیکیولز کے ساتھ تعامل کے ساتھ پیپٹائڈس کی اسکریننگ کے لیے استعمال کرتے ہیں۔ وہ خاص طور پر منشیات کی دریافت، امیونولوجی، اور پروٹین-پروٹین کے تعامل کے مطالعے میں مفید ہیں، نئے علاج کی شناخت اور پیچیدہ حیاتیاتی عمل کو سمجھنے میں مدد کرتے ہیں۔
ایک باقیات پیپٹائڈ یا پروٹین کے اندر ایک انفرادی امینو ایسڈ ہے۔ جیسا کہ امینو ایسڈ پیپٹائڈ بانڈز کے ذریعے ان زنجیروں کو بنانے کے لیے آپس میں مل جاتے ہیں، ہر امینو ایسڈ یونٹ کو باقیات کہا جاتا ہے۔ یہ اصطلاح اس لیے استعمال کی جاتی ہے کہ پیپٹائڈ بانڈ کی تشکیل کے دوران، ہر امینو ایسڈ پانی کے مالیکیول (H2O) کو کھو دیتا ہے، جس کو باقیات کہا جاتا ہے۔
رال ایک ناقابل حل پولیمر ہے جو سالڈ فیز پیپٹائڈ ترکیب (SPPS) میں امینو ایسڈ کے مسلسل اضافے کے لیے ٹھوس معاونت کے طور پر استعمال ہوتا ہے۔ رال موتیوں کی مالا ایک مستحکم اور جڑی ہوئی سطح فراہم کرتی ہے جس کے ساتھ ابتدائی امینو ایسڈ ہم آہنگی کے ساتھ منسلک ہوتے ہیں، جس سے پیپٹائڈ چین کو باقیات کے حساب سے بنایا جا سکتا ہے۔
روڈامین بی ایک روشن گلابی سے سرخ رنگ کا رنگ ہے جس کی جوش طول موج عام طور پر تقریباً 540-570 nm اور خارج ہونے والی روشنی کی حد 560-580 nm ہوتی ہے۔ یہ عام طور پر پیپٹائڈ کے N-ٹرمینل امینو گروپ کے ذریعے پیپٹائڈ کی ترتیب سے جوڑ جاتا ہے۔
ریورسڈ فیز ہائی پرفارمنس مائع کرومیٹوگراف۔
ساخت اور سرگرمی کا رشتہ (SAR) دوائیں منشیات کی کیمیائی ساخت اور اس کی حیاتیاتی سرگرمی کے درمیان تعلق کا مطالعہ کرکے تیار کی جاتی ہیں۔
سارکوسین، آسان ترین N-alkylated امینو ایسڈ۔
ہم آہنگی dimethylarginine(SDMA, Arg(Me)2), Fmoc-Arg(Me)2-OH (Symmetrical) کو سیمیٹرک dimethylarginine پر مشتمل پیپٹائڈس کی ترکیب کے لیے براہ راست استعمال کیا جا سکتا ہے۔
سالڈ فیز پیپٹائڈ سنتھیسس (ایس پی پی ایس) پیپٹائڈس کی کیمیائی ترکیب کا ایک طریقہ ہے، جہاں پیپٹائڈس کو ترتیب وار محفوظ امینو ایسڈز کو شامل کرکے ٹھوس سپورٹ یا رال پر مرحلہ وار جمع کیا جاتا ہے۔ SPPS دو حکمت عملیوں پر مشتمل ہے: Fmoc-SPPS اور Boc-SPPS، جو N -amino گروپ پروٹیکشن گروپس (Fmoc یا Boc) اور سائڈ چین پروٹیکشن گروپس کے انتخاب میں مختلف ہیں۔ این امینو پروٹیکشن گروپ کی قسم سائیڈ چین پروٹیکشن اسٹریٹجی اور رال سے پیپٹائڈ کے آخری کلیویج کے حالات کا حکم دیتی ہے۔
سٹیٹائن، جسے مختصراً Sta کہا جاتا ہے، ایک نان پروٹین امینو ایسڈ ہے جو اکثر پیپٹائڈ مائیمیٹکس کے ڈیزائن میں استعمال ہوتا ہے، خاص طور پر پروٹیز انحیبیٹرز کی ترکیب میں۔
Tert-Butylthio (StBu) ایک S-تحفظ کرنے والا گروپ ہے جو فاسفائن کی کمی کے ذریعے کلیو ہوتا ہے اور Boc-SPPS کے ساتھ مطابقت رکھتا ہے۔
Succinyl ایک قطبی N-ٹرمینل ترمیم ہے جو deaminated aspartate کے مساوی ہے اور عام طور پر carboxypeptidase substrates میں شامل کیا جاتا ہے۔
TAMRA، جسے TMR بھی کہا جاتا ہے، ایک فلوروفور ہے جسے امینو گروپ سے منسلک کیا جا سکتا ہے۔ یہ اکثر FRET سبسٹریٹس کے لیے FAM کے ساتھ مل کر استعمال ہوتا ہے۔ TAMRA کی اتیجیت طول موج 485 nm اور اخراج طول موج 535 nm ہے۔
Tert-butyl ایک ایسڈ لیبل پروٹیکٹنگ گروپ ہے جو عام طور پر الکوحل اور فینول کے لیے استعمال ہوتا ہے، جسے trifluoroacetic acid (TFA) کا استعمال کرتے ہوئے کلیو کیا جا سکتا ہے۔
Triethylammonium فاسفیٹ ایک بفر ہے جو ریورس فیز HPLC موبائل فیز میں استعمال ہوتا ہے۔
Trifluoroacetic ایسڈ (TFA) Fmoc-SPPS میں رال سے پیپٹائڈ کلیویج اور tBu سے ماخوذ حفاظتی گروپوں کو ہٹانے کے لئے استعمال کیا گیا تھا۔
Trifluoromethanesulfonic acid (TFMSA) TFA سے زیادہ مضبوط تیزاب ہے۔ TFMSA کو Boc-SPPS حکمت عملی کے آخری کلیویج مرحلے کے لیے انتہائی زہریلے HF کے محفوظ متبادل کے طور پر استعمال کیا جا سکتا ہے۔
L-tert-leucine (Tle) ایک غیر قطبی امینو ایسڈ ہے جس میں سٹیریلی طور پر ڈیمانڈ کرنے والی سائیڈ چینز ہیں جو -ہیلیسس کو غیر مستحکم کرتی ہیں۔
2,4,6-Trimethoxybenzyl ایک ایسڈ لیبل Asn اور Gln amide حفاظتی گروپ ہے جو Fmoc-SPPS میں استعمال ہوتا ہے۔
Tosyl کو Boc-SPPS میں guanidine اور imidazole کے لیے حفاظتی گروپ کے طور پر استعمال کیا جاتا ہے، اور اسے Na/NH3 کے ذریعے ہٹایا جا سکتا ہے۔
Trityl (Trt) ایک ایسڈ لیبل پروٹیکشن گروپ ہے جو Fmoc-SPPS میں Asn، Cys، Gln اور اس کی باقیات کے لیے ملازم ہے۔ اسے trifluoroacetic acid (TFA) کا استعمال کرتے ہوئے منتخب طور پر ہٹایا جا سکتا ہے۔
خالص پیپٹائڈس عام طور پر منجمد خشک ہونے کے بعد سفید پاؤڈر کی حالت میں موجود ہوتے ہیں۔
واسو ایکٹیو انٹیسٹینل پیپٹائڈ (VIP) ایک 28-امینو ایسڈ پیپٹائڈ ہے جس کا تعلق انتہائی خاندانی طور پر گلوکاگن-گھریلن-سیکریٹن پیپٹائڈ سے ہے۔
9-Xanthydryl (Xan) ایک ایسڈ لیبل امائڈ پروٹیکشن گروپ ہے جو Boc-SPPS میں Asn اور Gln کی باقیات کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ Xan کو TFA کا استعمال کرتے ہوئے منتخب طور پر ہٹایا جا سکتا ہے۔
جب پیپٹائڈ کو ایف اے ایم فلوروسین کے ساتھ لیبل لگایا جاتا ہے، تو لائوفیلائزڈ پاؤڈر عام طور پر پیلے رنگ کی ظاہری شکل دکھاتا ہے۔
Z-benzyloxycarbonyl، مختصر طور پر Z یا Cbz، پیپٹائڈ کی ترکیب میں ایک امینو حفاظتی گروپ کے طور پر استعمال ہوتا ہے۔ اسے ہائیڈروجنولیسس یا مضبوط تیزاب کا استعمال کرتے ہوئے صاف HF یا HBr/acetic ایسڈ کے طور پر ہٹایا جا سکتا ہے۔